実際の歴史を安易に引用することを避ければ大丈夫。
安易に、というところがポイントで、引用は自由です。
当たり前ですが、知らない歴史は引用することができません。
なお、読者の気分は創作には関係のないことです。
読者が不快に感じる理由は多岐にわたり、それらは創作には関係のないことです。
あえて不快にさせようということもありうるわけです。例えばイヤミスなど。
また、ヒロアカの安易な歴史引用疑惑は、作者と編集部が引用を否定しましたが、
火消しのための否定にしか見えませんでした。
引用は自由です。安易な引用をしてしまったのなら、謝ればいい。
怖いグロシーンは『光る風』にも『多重人格探偵サイコ』にもあります。
『十三人の刺客』にも『ハンターハンター』にもあります。
しかし、グロは肉体性の表現であり、シーンの演出の一つです。
演出意図はさまざまです。
あなたには虐殺や殺戮を描くことで何かを表現したいのであって、
なんら否定されることではないです。ただし、
日本の漫画はレーティング意識がなさすぎるので、
それは「絵」だから許されることではありますが、
絵柄との兼ね合いもあります。ヒソカが殺戮をしても
絵柄によってそれほどグロくない。
だけど手塚の蜂の巣表現は絵柄はリアルじゃないのにグロい。
グロも奥深いですね。
三池監督のグロは悪趣味に見えるけれど、
光る風のグロは政争の悲惨さを伝えてくれる。
質問者様の演出の感性（センス）が問われているだけで、
引用問題は気にする必要はありません。

それを商業漫画デビューや、商業への新人賞応募を考えてのことならば、プロ出版社に持ち込みしてプロの編集の意見を聞くのが一番の近道です。
商業出版社の編集はそれこそ、そういった問題でイザコザが起きないようにしたり、過去の事例で人権団体からクレームついて差し替え余儀なくされたなどの社内エピソードがたくさんノウハウとして蓄積されており、当時の編集だけでなく、若い編集も、社内教育として過去の失敗例の話を聞かされているわけですから。

ただ、その上で各出版社、各雑誌でアドバイスの内容、アウトの線引きの話はだいぶ違うでしょう。
同じ系列でも、ヤング○○と少年○○では違って、ヤング誌ならギリセーフ、とかの「定規の違い」がありますから。

私もかつて、少年マガジンに持ち込みして戦争の悲惨さを分らしめるための残虐描写、を書いたら、「キミの言いたいこととテーマはわかるけど、それでもウチではアウトですね、ここは。」とダメ出しされたシーンなどあったりしました。
その作品については、割り切って同人誌にしてしまって、コミティアで売ってそれなりの手応えがありましたが…。

この場合、編集者はその人の価値観、所属が少年誌かヤング誌か、出版社の方向性、、などなどでいろいろ違うので、
複数の持ち込みをして、意見を集めてみた上で、自分のやりたいことが達成できる上で、それが適している新人賞などに狙いを定めてみるのが得策かと思われます。

直近の事件や歴史的事故を連想させる表現については、
雑誌によって判断が異なるので、一概には線引しづらいと思います。

時事ネタもそうですが、少年誌と青年誌では線引きが異なるので、
担当編集者に聞いてみるのが一番早いかもしれません。

新人賞に出す場合は自己の判断で良いかと思います。
雑誌掲載されたり、受賞作をリメイク掲載する場合は修正をすることになると思いますが、下手に萎縮して表現を和らげるくらいなら、後々の修正覚悟で一番筆の乗るアイデアを選んだほうが良いのかなとは思います。