初めまして、　質問良いでしょうか？
私は　出版社に漫画を投稿してるのですが　
一月募集分の　原稿が６月まで返って来ず　
電話で出版社に問い合わせをしたんです
そしたら　その次の週に返却すると言う連絡をいただき原稿の帰りを待っていたのですが　　そのまま来ないでもう二週間経ちました_φ(･_･
これは　もう一度問い合わせするべきでしょうかね？、(TT)

こんにちわー。

出版社に送られたのは生原稿（原本）ということですよね。
コンペの募集内容によっては送付した原稿は返却されず破棄されてしまう、という場合もあるのですが、今回の件は、質問者さん自身が先方に問い合わせて「返却する」という旨をいただいている、とのことですので、それでも返ってこないのであれば、何度でも問い合わせて、事情を詳しく問い詰めて問題ありません。
原稿は作家にとって何より大切なものです。プロアマ関係なく、遠慮せずに、ご自身の作品をお手元に取り戻してください。


また、それとは別なのですが、まず原稿のコピー（高解像度）は取ってありますでしょうか？
最近ではアナログで制作される方でも、生原稿を直接送るのではなく、いったんスキャンしてデータ化したものを送る方が増えていますし、実際、こちらのやり方を強くオススメ致します。
理由は先述の「返却不可」といった条件のコンペがあることもそうですし、一部の編集部によっては生原稿の扱いが物凄くぞんざいで、紛失や欠損のケースが少なからずあります。

しつこく言うようで大変申し訳ないのですが、生原稿は作家の貴重な知的財産です。
作家自身もそれを自覚して、自身の財産は守らないといけません。
質問者さんの貴重な作品が、ちゃんとお手元に戻ることを願っております。

以上、ご参考になれば、幸いです。