長くなりましたので、先に結論を書きます。
・脚本術に当てはまらない主人公だから「望ましくない」ことはない
・「完璧なヒーローの主人公」を描きたいのではなく「成長物語」を描きたいのでは？
・見せ場がないと主人公っぽく見えない
・ヒロインを主人公にしてプロットを書いて比べてみる

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まず主人公について、自分の意見としては「望ましいもへったくれもなく、主人公となった以上主人公」だと言えます。しかし解決にはなりませんので、現状から考えていきます。話の全体がまとまりつつある状況で主人公に対して「望ましくない」と判断を下した理由が何かを明確にできると納得のいく結論に至ると思います。

＊「シナリオは主人公の成長物語である」という訓示を守ろうとしている

脚本術に忠実に描くことを至上命題としていても、すべての題材がその基本をなぞれるわけではありません。主人公のキャラクターを作った段階で「ブレない」という性格を与えたのであれば、その段階で主人公の成長物語の路線からは外れています。参考にしている脚本術が何かはわかりませんが、成長物語でなくても話を面白くつくる演出方法がまだあるはずです。

主人公がどんな話でも「一番前に出て、沢山しゃべって、とても感情豊か」とは限りません。単に多くの人がそう描いていて、多くの読者が読んでいるというだけです。そうでない、たとえば陰気で偏屈な主人公でも素晴らしい作品だったり、人気のあるキャラクターだっています。

＊主人公が成長しないことに納得がいかない、違和感がある

そもそも「主人公が努力して成長する様子が好き」という性格なのに主人公が成長しきっている作品を描こうとしている可能性が少しでもあれば、そもそも主人公がブレない話を描くのに向いていないかもしれません。今回の場合「主人公の成長物語」という役割をヒロインが担っている、つまり本質的に描きたいものが「ブレない主人公」ではなく「成長物語」に無意識下でなってしまっているかと思われます。ヒーロー型の主人公が望ましくないという言い方よりも、脚本上誰かが成長するのにヒーローの存在が必要だからヒーローを出したというほうが合っているかもしれません。

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次に「葛藤と成長を描いた場合、それはヒロインではなく主人公に据えられてしまうのか」という問いについてですが、こちらは「作品の中で主人公とは、葛藤したり成長するキャラをいうのか」という解釈で考えていきます。この悩みは先に述べた通り葛藤もしないし成長もしない主人公はあり得ます。とても雑な言い方ですが「主人公だと作者が定義すればそのキャラクターは主人公」です。脚本術の定型に当てはまらなくても、主人公っぽい見せ場を作ってしまえば紛れもなく主人公にできます。

＊葛藤しているだけだと見せ場が作れない

プロットの中で成長するのはヒロインだけのようですが、それだけが主人公になれる条件ではありません。仮に、成長するからヒロインの主人公格上げを行ったとしましょう。そのとき、ヒロインの考え方が変わるような「元主人公の名台詞」が中くらいのコマで、ヒロイン(現主人公)の「そうか…そういうことなんだ！」という解決のコマが1ページくらいの大きい絵になりました。こうなると、ヒロイン(現主人公)の「そういうことなんだ！」が明らかに見せ場として弱すぎます。演出がとても上手な方だと、ここまでの前振り次第で「そういうこと」を名シーンに仕立て上げることも可能ではありますが、やっぱり読み手としては「元主人公の名台詞」が一番大ゴマで盛り上がってほしいわけです。読む人は「葛藤してるか」「成長しているか」ではなく「キャラが立っているか」「魅力的か」で主人公かどうかを嗅ぎ分けていると思います。
「シナリオは主人公の成長物語である」という言葉の飲み込み方がそのまますぎて囚われてしまっているように見受けられますが、シナリオには「主人公の見せ場」があって「主人公が成長する話」も入っているといいなあ、くらいのとらえ方に改めてみると少し気が楽になるかもしれません。

＊もうヒロインを主人公にしてしまう

ここまでは「そんなことないよ！その主人公でも十分主人公だよ！」という説得のつもりで書きましたが、それでもまだ納得がいかなかったり、不安がある場合は、ヒロインを主人公にしてプロットをもう一度練っていただいたほうがいいかもしれません。「シナリオは主人公の成長物語」というのがポリシーであるとしたらもうこの手しかありません。
出来上がった２つのプロットを見比べて、面白そうだと思ったプロットでネームを切っていただくのが、私の考え得る中で一番手っ取り早い解決策です。