はじめまして、こんにちは。ストーリーのまとめ方についてですが、自分にもこれと似た感覚がありました。少し質問者さんと逆の場合で、聞きたい解答とは違うかもしれませんが参考になるかもしれないので書かせて頂きますね。

昔、少女漫画の42P前後の読み切りネームを提出したとき「この漫画は16P〰18Pの内容だよ」と編集さんに言われた事があります。それによって、自分が思っているよりもこの漫画の中には無駄ものが多いのかも？と気づきました。

それは一貫したテーマがブレてしまうような会話劇だったり、主人公が動いてくれない（受け身）ことによるテンポの悪さだったりです。（なんとなく質問者さんの悩みと似ているかなと…）

最初はテーマが悪いのか、キャラの設定が悪いのか…色々思考錯誤してたのですがやっていくうちに、構成力というか技術的なもので補える事が分かったのです。やってみたのは最初に描いた40過ぎのネームをそのまま単純に16Pにまとめることです。

・1ページ分の要素を一コマで表現する
・長いセリフ、沢山の吹き出しを短くまとめてみる（意味が似ている言葉を削る、無駄な反復させない等）
・似たような内容のコマをまとめる…等など

こうしていくと自然に無駄なものが削られ描きたい要素がギュっとまとまり、より一貫したテーマを短距離で伝えられることに気づいたのです。
特に「・1ページ分の要素を一コマで表現すること」によって、それがクライマックスの大きい見せ場の一コマ絵になったり、あるいは物語の始まりの大事な掴みにも出来るようになります。
特に少女漫画はキャラの感情/心情を伝えることや読者さんが思わず「キュン」とする要素が重要だったりするので「それに必要じゃないもの」を意識して削り、まとめるといいかもしれません（その判断基準は自分の感覚を信じた方が良い気がします）
質問者さんは描きたものをまとめると長くなるとおっしゃってたので、単純に技術が身に着いたら、どんなページ数でも描けるのではと感じました！
長くなってしまいましたが参考になりましたら幸いです。

漫画のストーリーは「読んだあとに読者にどんな気持ちになっててもらいたいか」を目標に作るものじゃないかと思います。
少女漫画だと、例えば…コンプレックスを乗り越え勇気を出して告白した結果、恋が実って「幸せな気持ちになる」＆「勇気を出せてよかったね」と読者が思って読み終わる。これがストーリーの目標です。

作者が描きたいことは、素敵なキャラだったり萌えるシーンだったり「ストーリーの目標」とは別な事が多いです。(同じケースもないわけではないですが)

「幸せな気持ちになる」「勇気を出せて良かったね」と思ってもらうことを目標に、描きたい要素を盛り込みながら話を組み立てて行くのです。あちこちフラフラしてしまうのは、「ストーリーの目標」が定まってないからじゃないでしょうか。

「作者の描きたい要素」だけで作っていこうとすると、どっちに向かっていっていいか分からなって、迷いやすいです。

私は描きたいクライマックスシーンから思いつくことが多いので
そこから「何が描きたいのか？」を考えながら全体の構成を作っていきます。
描きたいクライマックスから、キャラも自然と決まってくる感じです。
ここでキャラがなんかピンとこないな…と思ったら萌える要素を足していきます。

キャラから思いつくときは
そのキャラの描きたいと思えるシーンや表情が見えているので
それが描けそうなシチュエーションやストーリーを作っていきます。
短いページだとこっちの方が多いかもです。

オチから考えるべきというよりは
「描きたいこと」とそれから感じる楽しさとかパッションみたいなものを
逃さないようにするのが大事なのかな…と個人的には思っています！

すいません、自分は少女漫画は昔少しだけ原作に携わった程度で、あまり専門的な知識には欠けるのですが、広く漫画全般において通じる内容にてご参考になればと思い、お答えさせていただきます。


まず、今回のご質問から察するに「16ページの投稿用の読切作品」を制作中なのかな、と思うのですが、いったんストーリーやページ構成的な話は置いといて、

「読切作品＝ご自身のプレゼンテーション」

と、割り切って考えてみるのはいかがでしょうか。

例えば、ハリウッド映画なんかでも、一度、スポンサーや配給会社に企画を売り込むための「パイロットフィルム版」という短い作品を撮りますが、漫画家における読切作品というのも（デビュー前であるなら尚更）それに近い部分がありまして、つまるところは出版社や読者に対して「自分の作品の売りはここである」「こういう作品が描ける作家である」という長所をアピールすることさえできれば、十分な成果ではないでしょうか。

その上で、質問者さんは既に「キャラクターが好き」というご自身の売りをお持ちではないかと思いますので、16ページの中で「そのキャラのどこが好きなのか」「何をしていれば、そのキャラはより魅力的に見えるのか」といったシンプルな要素を伝えることだけを目的に、作品を整理してみることをオススメさせていただきます。
仰る通り、16ページとは多くのことを一度に伝えようとするには短いページ数だと思いますので、その短いページ数の中で「このキャラいいね」という、ひとつの共感さえ読み手から引き出せれば、プレゼンとしては大成功ですよね。

簡単に言えば、いきなり全ての項目でパーフェクトな漫画を書く必要はないですし、逆に言えば「何が売りか？」を伝えるだけでも、けっこう難しいものです。まずは少ない要素に絞って突き詰めていくことで、質問者さんなりの武器が現れてくることがあるんじゃないか、と思います。


以上、ご参考になれば幸いです。
ご制作、応援しております。